Leiden Center for Natural Computing

homepage Adleman

PLoS: Algorithmic Self-Assembly [2004]
(Wikipedia: Sierpiński triangle)

Computer in a TestTube

Turing's Legacy SNiC Symposium pdf
The modern day application of his ideas
(7 maart 2012, Jaarbeurs Utrecht)

Honours class». pdf
Lecture in the series Foundations of Informatics — Algorithmic Adventures
(13 december 2010)

Media Technology» pdf
Lecture in the series Artificial Intelligence for Cocktail Parties.
(14 April 2008)

Introduction to the Adleman experiment.
With some modern DNA research added.

Nature News: Physicists plunder life's tool chest [2003]

self assembly: DNA origami Nature: DNA origami [2006] DNA for cocktail parties
DNA for Cocktail Parties
Computer in de Reageerbuis
DNA / Watson Crick

Computer in de Reageerbuis

Leidsche Flesch Beta congresch

De toekomst laat zich moeilijk voorspellen, maar we horen al enige jaren dat de huidige generatie chips niet erg ver meer opgerekt kunnen worden. Aantallen transistoren op een kleine oppervlakte, informatieoverdracht over bepaalde afstanden; het is gebonden aan natuurkundige wetten.

Een nieuwsgierige informaticus is daarom op zoek naar nieuwe wegen om sneller te kunnen rekenen. Betere algoritmen of de inzet van parallelle computers blijven binnen de huidige technologische kaders. Het is misschien leuker om op zoek te gaan over ongebaande wegen, zoals Quantum Computing of DNA Computing

In 1994 stelde Leonard Adleman voor om DNA te gebruiken om mee te rekenen. De stof is tamelijk stabiel, heeft een zeer efficiente informatie-opslag, en er bestaat een grote verzameling operaties om de stof te manipuleren in het bio-chemisch laboratorium.
Adleman bewees dat er daadwerkelijk mee gerekend kan worden door een klein geval van een berucht probleem eigenhandig in het laboratorium door te rekenen. Niet indrukwekkend voor een doorsnee puzzelaar, maar wel de start van een aktief onderzoeksgebied.

grenzen: complexiteit Adleman's algorithm
  Een theoretisch informaticus is niet tevreden met het oplossen van een specifiek probleem met behulp van DNA. Hij vraagt zich af of met deze techniek ook een 'echte' programmeerbare computer te bouwen is. Dat gebeurt door te laten zien dat met DNA ook het prototype computer, de Turing machine te simuleren is. Helaas levert deze simulatie wel een computer, maar één die lang niet efficient is.
Turing machine logische schakeling (mbv fluoricentie)
Vloeibare computer leert spelletje
(Noorderlicht)
De DNA computer (Kennislink)

voordracht: pdf file

International Meeting on
DNA Based Computers


In een recent wetenschappelijk artikel (aug 2003) wordt DNA ingezet om een ander probleem op te lossen. In dit geval het vinden van een goede zet bij tic-tac-toe. Hoewel de gebruikte techniek ingenieus is, kan ook dit nog geen programmeerbare computer genoemd worden in de zin dat er verschillende problemen mee opgelost kunnen worden.

Kortom: de DNA computer is nog lang niet af!

De wiskundige kat ...

DNA Computing

Uw docent schreef een korte inleiding [.pdf, 113kB] over Adlemans experiment (voor de NVTI Newsletter in het Engels)
en een hoofdstuk [pdf] voor een Epsilon boek over biologie en wiskundige modellen (2002). De wiskundige kat, de biologische muis en de jacht op inzicht (door Hans Heesterbeek, Odo Diekmann, en Hans Metz). (H.J. Hoogeboom, G. Rozenberg: DNA Computing, Computer in de reageerbuis).
PCR thuis? Scientific American vertelt hoe!

The student guide to DNA based computers [verbroken link], zie lego.com (via web.archive)
up up2