Seminarium Advanced BioComputing

voortaan

Seminarium Computational Molecular Biology

Hendrik Jan Hoogeboom en Walter Kosters begeleidden in het voorjaar van 2002 een Seminarium Advanced BioComputing. Het seminarium wordt in het voorjaar van 2003 's avonds door * onder een nieuwe titel gegeven.
Het vak levert 5 studiepunten op.

Roostering:
voorjaar 2002: Vrijdag van 11.15 tot 13.00 uur in zaal 401 (op 12 april in zaal 405). Data: 18 januari 2002 (voorbespreking), 25 januari (afspraken), 15 februari tot en met 22 maart, 12 april tot en met 26 april.

Aanmelden vooraf bij de docent(en).

Inhoud

Met het ontwarren van de DNA code komt een grote hoeveelheid data beschikbaar. Voor de verwerking van deze gegevens is het gebruik van computers onontbeerlijk. Het vakgebied van de "computational biology" of "bioinformatics" ontwikkelt de benodigde gereedschappen: complexe databases, geavanceerde zoektechnieken, maar vooral efficiente algoritmen toegesneden op het vergelijken en samenpassen van strings.
Het Seminarium ABC beoogt een aantal representatieve algoritmen te bestuderen aan de hand van recente literatuur.

In eerste instantie kunnen de deelnemers kiezen uit de volgende onderwerpen, alle refererende naar een hoofdstuk uit het ondervermelde boek van Pavel Pevzner.

Deelnemers

In het voorjaar van 2002 hebben meegedaan:

Jan-Willem van den Berg     mvdberg @ liacs.nl
Robert Brijder rbrijder @ liacs.nl
Evert-Jan de Bruin edebruin @ liacs.nl
Julia Dmitrieva j.dmitrieva @ umail.leidenuniv.nl
Bas Groenendijk bgroenen @ liacs.nl
Peter Koning peter @ gelooft.nl
Shlomo Raikin sraikin @ liacs.nl
William Rossie wrossie @ hetnet.nl
   

Rooster

Het rooster in het voorjaar van 2002 was als volgt:

Datum Onderwerp Beurt
18.01.02   inleiding Walter & Hendrik Jan
25.01.02 verdelen beurten
15.02.02 Restriction mapping Evert-Jan & Robert
22.02.02 verdeling verdere beurten  
01.03.02 Map assembly William & Julia
08.03.02 DNA-arrays Jan-Willem & Bas
15.03.02 Sequence comparison Peter & Shlomo
22.03.02 Finding signals & Multiple alignment   Jan-Willem & William
12.04.02 Genome rearrangements Peter & Robert
19.04.02 All about Eve Shlomo & Evert-Jan
26.04.02 Structure prediction Bas & Julia

Vorm

Elk onderwerp wordt in één bijeenkomst van twee uur behandeld, door een team van twee deelnemers. Iedereen komt twee keer aan bod; voor het tweede onderwerp worden andere tweetallen gevormd. Verwacht wordt:

Literatuur

Een selectie uit:


Vragen en/of opmerkingen kunnen worden gestuurd naar: kosters@liacs.nl.

26 april 2002 - http://www.liacs.nl/home/kosters/semabc.html