course computational molecular biology
Seminarium
Computational Molecular Biology
voorheen
Seminarium Advanced BioComputing
Voorjaar 2003 deeltijdopleiding
Hendrik Jan Hoogeboom
en
Walter Kosters
begeleidden in het voorjaar van 2002
een
Seminarium Advanced BioComputing.
Dit seminarium wordt in het voorjaar van 2003 's avonds aangeboden
onder een vernieuwde titel.
Het vak levert 5 'oude' studiepunten op.
Roostering:
voorjaar 2003: Woensdag van 18.45 tot 21.45 uur in zaal 6
van het
Gorlaeus Laboratorium, Einsteinweg 55.
Data: 29 januari 2003 (onder meer voorbespreking), 19 februari,
5 maart, 12 maart, 26 maart, 2 april, 16 april, 23 april,
7 mei, 14 mei, 21 mei en 28 mei.
bron: rooster
deeltijdopleiding
NB. inschrijving gesloten.
Het aantal deelnemeners is beperkt.
Aanmelden vooraf bij de docent(en).
Deeltijdstudenten worden met voorrang ingedeeld.
Inhoud
Met het ontwarren van de DNA code komt een grote hoeveelheid
data beschikbaar. Voor de verwerking van deze gegevens is het
gebruik van computers onontbeerlijk. Het vakgebied van de
"computational biology" of "bioinformatics" ontwikkelt de
benodigde gereedschappen: complexe databases, geavanceerde
zoektechnieken, maar vooral efficiente algoritmen toegesneden
op het vergelijken en samenpassen van strings.
Het Seminarium CMB beoogt een aantal representatieve
algoritmen te bestuderen aan de hand van recente literatuur.
Deze tweede maal gaan we waarschijnlijk
werken vanuit de lecture
notes van Shamir, zie link onderaan deze bladzijde.
Deelnemers
| Alexander J. Al |
aal (a) liacs.nl |
| Pieter Bas Donkersteeg |
pieterbas (a) zonnet.nl |
| Michel van Egmond |
michelvanegmond (a) hotmail.com |
| Nico de Groot |
ndegroot (a) ktu.nl |
| John Janssen |
jjanssen (a) nuffic.nl |
| Pieter Kwantes |
pm.kwantes (a) wxs.nl |
| Nuno Rico |
nuno (a) ca-ms.com |
| Gratian Schiopu |
g.schiopu (a) myrealbox.com |
| André Schuiteman |
Schuiteman (a) nhn.leidenuniv.nl |
| Srećko Sužnjević |
s_suznjevic (a) nl.ibm.com |
| Rob Wolfram |
rsw (a) hamal.nl |
| Liyue Yang |
lyang (a) planet.nl |
Rooster
Let op:
Woensdag 7.5 is komen te vervallen.
Laatste serie onderwerpen drie sprekers per avond,
sommige hoofdstukken worden over twee avonden gesplitst.
Het rooster is als volgt:
| 29.1.03 |
1 |
Introductory Concepts |
Hendrik Jan |
|
| 19.2 |
2 |
Pairwise alignment |
Nico + Pieter Bas |
Pevzner 6 |
| 5.3 |
3 |
Sequence Alignment Heuristics |
John + Nuno |
|
| 12.3 |
4 |
Multiple Sequence Alignment |
Pieter + Rob |
Pevzner 7 |
| 26.3 |
5 |
Hidden Markov Models |
Gratian + Liyue |
|
| 2.4 |
6 |
Bioinformatics Tools |
Srecko + Alexander |
Gibas |
| 16.4 |
7 |
Gene Finding |
Andre + Michel |
|
| 23.4 |
8 |
Phylogeny |
Andre + Nuno |
'All about Eve' Clote 4 |
| |
9 |
Physical Mapping |
Gratian + ... |
Pevzner 3 |
| 14.5 |
|
vervolg |
+ Srecko |
|
| |
10 |
Genome Rearrangements |
Nico + Michel |
Setubal 7 Pevzner 10
applet |
| 21.5 |
11 |
DNA Chips and Gene Networks |
Rob + Pieter Bas |
Pevzner 5 |
| |
12 |
Protein Structure |
Alexander |
Clote 6 |
| 28.5 |
|
vervolg |
+ Liyue |
|
| |
13 |
Linkage Analysis |
John + Pieter |
|
Vorm
Elk onderwerp wordt in één bijeenkomst
van twee uur behandeld, door een team van twee deelnemers.
Iedereen komt twee keer aan bod;
voor het tweede onderwerp worden andere tweetallen
gevormd. Verwacht wordt:
- Voorbespreking voordracht met docent(en);
onder meer de eerste versie van de sheets wordt doorgenomen;
circa één week voor de voordracht.
- Voordracht. Denk hierbij ook aan de biologische achtergrond.
- Actieve deelname bij voordracht van andere koppels.
- Nabespreking voordracht met docent(en).
- Schriftelijke verslaglegging in een
LaTeX-document
van ongeveer 10 pagina's, in het Nederlands.
(Dus 5 plus 5 pagina's voor de totale voordracht.)
- Individueel:
samenvatting van alle voordrachten van de andere koppels,
van steeds 1 pagina per onderwerp, in het Nederlands.
meld per spreker iets goeds, en iets wat beter zou kunnen;
Literatuur
Een selectie uit:
- Pierre Baldi and Søren Brunak,
Bioinformatics: The Machine Learning Approach,
MIT Press, 1998
- Peter Clote
»
and Rolf Backofen,
Computational Molecular Biology: An Introduction,
Wiley, 2000
- Richard Durbin, Sean Eddy, Anders Krogh and Graeme Mitchison,
Biological Sequence Analysis:
Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids,
Cambridge University Press, 1998
- Cynthia Gibas»
and Per Jambeck,
Developing Bioinformatics Computer Skills,
O'Reilly, 2001
- Dan Gusfield,
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences,
Cambridge University Press, 1997
- Pavel A. Pevzner
»,
Computational Molecular Biology,
An Algorithmic Approach,
The MIT Press, 2000
- João Setubal and João Meidanis,
Introduction to Computational Molecular Biology,
PWS Publishing Company, 1997
Conferentie proceedings
Documenten vrij beschikbaar
(ACM en Springer)
mits bekeken vanuit de Universiteit Leiden.
- ACM RECOMB,
Annual Conference on Research in Computational Molecular Biology
- Olivier Gascuel and Bernard M.E. Moret, editors,
Algorithms in Bioinformatics, Proceedings WABI,
Springer LNCS 2149, 2001
»
- Space R. Guigó, D. Gusfield, editors,
Algorithms in Bioinformatics, Proceedings 2nd WABI 2002,
Springer LNCS 2452, 2002
»
- Bioinformatics, Oxford University Press.
on-line
Links
Nuttige link gevonden? Even doorgeven
(met een korte beschrijving van het gebodene).
Vragen en/of opmerkingen kunnen worden gestuurd
naar: hoogeboom@liacs.
29 januari 2003 - http://www.liacs.nl/home/hoogeboo/semabc/